Son funciones de la Secretaría de Demarcación y Organización Territorial:
- Normar y conducir las acciones y procesos para el saneamiento de límites y la mejor organización del territorio.
- Apoyar los procesos de demarcación de los gobiernos regionales.
- Conducir el saneamiento de límites interdepartamentales y las acciones de demarcación territorial en zona de frontera o zonas declaradas de interés nacional.
- Formular anteproyectos de ley en materia de demarcación territorial.
- Brindar asesoría técnica a los organismos del Sistema Nacional de Demarcación Territorial, del cual PCM es ente rector.